研究開発学校の指定に当たっては、各校から提出された研究開発実施計画を教育研究開発企画評価会議による審査に付す必要があります（教育研究開発実施要項「９．教育研究開発企画評価会議」を参照）。また、予算の範囲内で各校に経費を支弁する必要があることから、当該年度の予算に従い、提出された経費調書の内容について確認・査定を行う必要があります。

具体的なスケジュールとしては、以下の流れになります。（年度により多少時期が異なります）

10 月：希望調書提出締切

11 月～12 月：教育研究開発企画評価会議による審査

１月：審査結果の連絡

２月末～３月上旬：経費の査定

４月：研究開発学校として正式に指定

なお、４月に研究開発学校として正式に指定されるまでは、審査結果について管理機関や学校が外部に公表することは出来ません。

学校教育法第１条に規定されている学校はすべて、研究実績の有無にかかわらず本制度の指定の対象となりえますので、教育課程の改善のための研究開発に取り組みたい学校は、積極的に応募していただきたいと考えています。

ただし、研究開発学校は、文部科学大臣の指定により、教育課程の改善に資する実証的資料を得るため、学習指導要領等の現行の教育課程の基準によらない教育課程を編成・実施することを特別に認められた学校であるため、実践研究の実施に当たっては、文部科学省への報告書等の提出、連絡協議会への参加など、学校及び学校設置者に課される負担も大きくなります。また、研究を充実したものにするためには、現行の学習指導要領の関連の規定の十分な理解・分析に加え、学校設置者や学校全体の支援体制の充実、保護者の理解・支援も。求められます。必ずしもこれまでの研究実績は必須ではありませんが、先生方の熱意を含めた研究遂行のための体制整備は必要不可欠です。応募に当たっては、こうした点に留意することが必要です。

私立学校についても、研究開発学校の指定の対象となります。指定に当たっては、国公私立を問わず、創意工夫を生かした特色ある研究であるか否か、当該研究の成果が他の学校へどれほど適用可能であるかといった観点から審査が行われることになります。毎年、都道府県の私学担当部署を通じて募集を行いますので、関心をお持ちの私立学校におかれましては、御応募いただきたいと考えています。

原則として学習指導要領等の現行の教育課程の基準に基づかない教育課程を編成・実施するなど、教育課程の改善に資する実証的資料を得るための研究開発の取組が行われることから、当該学校の児童生徒や保護者、地域の方などの関係者に対し、あらかじめ教育課程の編成の方針について御理解いただくことが求められます。研究開発の内容についての関係者への事前の説明については、例えば保護者会やＰＴＡの会合での説明、学校だよりの配布などにより、当該学校に通学する児童生徒等の保護者の代表の方などに説明することが考えられます。また、地域の方への説明については、例えば学校評議員への説明、学校運営協議会における協議、地域向け情報誌への掲載などにより、当該学校の通学区域に在住する住民等に説明することが考えられます。その他、学校のウェブサイトに掲載することで、広く保護者及び地域住民等に対して情報提供し、説明責任を果たすことも考えられます。

研究開発学校は、教育課程の改善に資する実証的資料を得るために、学習指導要領等の現行の教育課程の基準によらない教育課程の編成・実施が認められた学校です。したがって、現行の教育課程の基準の範囲内で、指導方法や教材開発についてのみの研究を行うものについては、原則として指定の対象となりません。ただし、教育課程の改善に資する実証的資料を得るために特に必要な研究を行う場合において、それに付随して指導方法や教材の研究を行うことは十分考えられます。

例えば、教育学をはじめ関連する学問分野を専門とする大学教員、近隣の市町村教育委員会や都道府県教育委員会の指導主事、他の学校の校長又は教員、国立の研究開発学校に係る運営指導委員会においては当該研究開発学校を設置する国立大学法人が設置する大学の教育学をはじめ関連する学問分野を専門とする教員等が考えられます。他方、研究開発学校を所管する都道府県や市町村の教育委員会の指導主事等に ついては、当該研究開発学校の管理機関の関係者であることから、運営指導委員会に加わることは想定されていません。

研究経費の額は、研究内容、研究に参加する学校の数、地理的要因などにより、数十万円規模から、数百万円規模までさまざまです。

申請校におかれては、研究に真に必要な経費を計上して下さい。なお、予算の範囲内で各校に経費を支弁する必要があること、また、研究上必要な経費が計上されているかについて確認する必要があることから、提出された経費調書の内容については文部科学省による確認・査定が行われます。よって、計上された経費については後日修正の可能性があることに御留意下さい。通常、査定は２月末～３月に行われます。

文部科学省は予算の範囲内で研究に必要な経費を支出することとしています（教育研究開発実施要項「８．委託経費」を参照）が、備品及び外国旅費に区分されるものは認めていません。具体的な経費項目としては、人件費、謝金、旅費、借損料、消耗品費（図書購入費）、会議費、通信運搬費、印刷製本費、雑役務費があります。

研究開発学校の指定期間は原則4年間（平成24年7月に要項を改正）としており、指定期間終了後は、通常の学校と同様、学習指導要領等の現行の基準に基づき教育課程を編成・実施しなければなりません。

しかしながら、現行の基準に基づく教育課程に移行するためには準備期間を要する場合があり得ることを考慮し、毎年学校側の希望を聴取の上、必要に応じて原則１年間の指定期間の延長を認めることとしています（原則１年間ですが、さらに延長を希望する場合には、学校側の希望を聴取の上、判断します）。ただし、この場合研究費は措置されません。また、4年間の指定期間で一定の研究成果をあげつつも、研究テーマの特性等から、研究の継続によってより的確な成果が期待されるものについては、学校側の希望を聴取の上、改めて審査を行い、必要に応じて１～３年間の指定期間の延長を認めることもあります。

学校教育法施行規則には、「教育課程の改善を行うため特に必要があり、その上児童生徒の教育上適切な配慮がなされていると文部科学大臣が認める場合には、現行の教育課程の基準によらないことができる」旨の規定が各校種ごとに置かれていますが、幼稚園についてのみ、このような定めがありません。このため、「研究開発学校」であっても幼稚園は現行の教育課程の基準である「幼稚園教育要領」の範囲内で調査研究を行うことになります。これは、1幼稚園がいわゆる「教科」の概念をもたないこと、2標準授業時数の規定がないこと、3課程の修了についての要件が定められていないことなど、教育課程の基準の定め方が小学校以上の学校段階と異なっており、現行の教育課程の基準の範囲内で十分に先導的な研究が可能と考えられているからです。